หุบเขาใต้น้ำจำนวนค่อนข้างมากตั้งอยู่นอกชายฝั่งของหุบเขาแม่น้ำในพื้นที่ใกล้เคียงโดยตรง และครั้งหนึ่งเคยเชื่อมต่อกับส่วนต่อขยายของหุบเขาใต้น้ำ อย่างไรก็ตาม ในกรณีส่วนใหญ่ ลักษณะของเรือดำน้ำที่หลากหลายและลักษณะเฉพาะของ เรือดำน้ำ ในหุบเขาใกล้เคียงนั้นค่อนข้างแตกต่างกัน ตัวอย่างเช่น หุบเขาใต้ทะเลมีแนวโน้มที่จะมีความลาดชันด้านข้างที่ชันกว่า ความลาดชันที่สูงกว่ามาก และชั้นที่แคบกว่ามาก ยิ่งไปกว่านั้น รูปแบบการระบายน้ำของหุบเขาใต้น้ำนั้นแตกต่างจากรูปแบบบนบก หุบเขาใต้น้ำมีแควจำนวนมากอยู่ที่หัว แต่โดยทั่วไปแล้วมีแควน้อยไม่มากเท่าหุบเขาบนบก ถึงกระนั้น หุบเขาใต้ทะเลหลายแห่งก็จบลงด้วยชุดของช่องทางกระจายผ่านการเพิ่มขึ้นของทวีป และช่องทางเหล่านี้มักจะโผล่ขึ้นมาในทะเลลึกบนที่ราบก้นบึ้งที่อยู่ติดกับทวีป โดยเฉพาะอย่างยิ่งในแอ่งน้ำในมหาสมุทรแอตแลนติก